Друга информация
Съдържание :
1. Въведение 3
2. Литературен обзор 3
2.1. Ново поколение ДНК секвениращи техники 3
2.1.1. Roche/454 FLX Пиросеквенатор 3
2.1.2 Illumina/Solexa 3
2.1.3 Applied Biosystems ABI SOLID system 3
2.1.4 Helicos Biosciences 3
2.2. Въведение за малки РНК 3
2.2.1 Предвиждане на миРНК по хомолигия 3
2.2.2. Идентифициране на растителни миРНК хомолози 3
2.2.3. De Novo подходи за идентифициране на растителни миРНК 3
2.2.3.1. Биоинформатичен анализ на малки растителни РНК 3
2.2.3.2. Биоинформатични подходи за предсказване на прекурсори миРНК 3
2.2.4. Обработка на библиотеки от малки РНК при масивно паралелно секвениране. 3
3.Цел и задачи 3
4. Материали и методи 3
4.1. Биоинформатични материали и методи за обработване на малки РНК и техния анализ 3
4.1.1. Език за програмиране 3
4.1.1.1. Видове приложения на езика за програмиране – Perl 3
4.1.1.2. BioPerl 3
4.1.2. Използвани биологични бази от данни 3
4.1.2.1. NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 3
4.1.2.2. Основни приложения на NCBI 3
4.1.2.3. Бази от данни и софтуер 3
4.1.2.4. GEO DataSets 3
4.1.2.2. The Brachypodium Information Resource 3
4.1.2.2.1 Ресурси на web – страницата 3
4.1.2.3. Bowtie софтуер 3
4.1.2.2. Galaxy 3
5. Резултати и обсъждане 3
5.1. Алгоритъм на разработения софтуер 3
5.1.1. Извличане на данни на малки РНК, получени от новото поколение секвениращи платформи 3
5.1.2. Извличане на EST на моделното растение Brachypodium distachyon 3
5.2. Обработка на файловете, използване на софтуера Bowtie 3
5.2.1. Конвертиране на файла със малките РНК до файл–ФАСТА формат 3
5.2.2. Сортиране на файла 3
5.2.3. Конвертиране на файла в GFF формат 3
1.3. Филтриране на малки РНК от GFF формат 3
6. Изводи 3
7. Използвана литература 3